千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的...

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在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅...